1.促使植物生長
使用微生物肥料在促使根系發育、延長葉片功能期、增強光合作用效率等方面有顯著作用，并能明顯改良棉花，煙葉，水稻、小麥、玉米等品質。
2.改良土壤，培肥地力
微生物肥料能增加土層的團粒結構和透氣性，提高土層的含氧量和蓄水量，改良作物根際環境。其中微生物肥料作基肥或菌液灌根，可使板結的土壤變疏松，從而促使了植物單產的不斷提高和可持續發展。
3.提高作物抗逆性
首先是抗旱，鑒于其根系發達，增加吸水肥的面積，同等條件下可耐干旱一周以上。二是抗寒,鑒于其含有抗逆因子,在揚花期可抗輕度的寒流逆襲.三是耐熱,在高氣溫過程中能保證植物正常生長,是對于鹽堿地種植作物可以顯著提高作物的抗鹽堿能力。使用本品還可以減輕。苗期立枯、猝倒、紅腐等病菌的侵害，而且植株肥壯、生長迅速。
4.促使根系生長，增加養分吸收
微生物肥料能普遍增加各種植物根系的質量達百分之35以上，有甚至成倍增加。微生物肥料中含有解磷解鉀菌，能效能更高的分化土壤中植物不能直接利用的氮、磷、鉀元素供作物吸收，不斷供給作物生長所需的養分。
5.提高產品品質
使用微生物肥料后可以提高各種肥、化肥的利用率和轉化率，降低因超量施用化肥帶來的硝酸鹽超標問題，改良產品的口感，如西瓜等可以增加糖度1.5度以上。
6.促早熟
微生物菌肥可使春天大田茄子提早10天左右上市,可使番茄的自然成熟期與對照組抹催紅劑的成熟期相同或提前。
7.抗病防蟲
灌根后有益微生物的迅速繁殖抵抗了有害菌的發展，促使作物生長，提高作物的抗病能力；破壞了地下蟲卵的生存條件，致使無法成蟲。同時對因連作(重茬)引起的生理病害有預防和調節作用。
8.增產，增收
大田糧食作物可增產百分之10以上，在瓜果蔬菜上試驗增產效果達百分之30以上，葡萄、西瓜、茄子、黃瓜、豆角等增產效果更高。施用微生物肥料的棉花在株高、莖粗及棉株長勢上均占優勢，其效能高蕾數、鈴數及霜前鈴吐絮數顯著增多，一般可增產百分之10以上。
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